Для того чтобы получить представительный набор требуемых показателей, все затраты, относящиеся к логистике, следует подвергнуть классификации по видам деятельности (операциям). Общие издержки, связанные с прогнозированием спроса, управлением заказами, транспортировкой, управлением запасами, складированием и упаковкой, нужно отделить от других видов затрат. Обычно затраты, в том числе и логистические, делятся на три категории: прямые издержки, косвенные издержки и накладные расходы.
Прямые, или операционные, издержки — это те расходы, которые обусловлены выполнением конкретных логистических работ. Такие издержки нетрудно идентифицировать. Прямые затраты на транспортировку, складирование, грузопереработку и некоторые другие операции по обработке заказов и управлению запасами можно вычленить из традиционных расходных счетов. Например, транспортные расходы, связанные с исполнением одного заказа в объеме полной транзитной нормы, можно напрямую отнести на конкретный заказ. Точно так же в логистических операциях нетрудно выделить прямые административные расходы.

Косвенные издержки вычленить не столь просто. Затраты, связанные с косвенными факторами, носят более или менее постоянный характер вследствие порядка распределения ресурсов в логистических операциях. Для исчерпывающей оценки общих логистических издержек необходимо выявить и учесть, скажем, капитальные вложения в недвижимость, транспортное оборудование и запасы — причем это лишь неполный перечень элементов структуры капитала в логистике. Выбор способа, каким косвенные затраты относятся на логистические операции, зависит от управленческого решения. Например, каким образом косвенные затраты на складское оборудование следует относить на заказы потребителей, отгруженные с данного склада? Один из подходов сводится к распределению накладных расходов на основе средних удельных издержек. Можно подойти к этому вопросу и иначе, сочтя, что подобные косвенные факторы важнее учитывать в связи с проектированием логистической системы, однако такое рассуждение мало что дает для принятия эффективных тактических решений.
Всякий капитал, вложенный в логистическую систему, представляет собой дефицитный товар (ресурс). Поэтому все затраты на инвестирование в логистические операции имеют непосредственное отношение к калькуляции издержек по видам логистической деятельности. Если источником удовлетворения потребности в инвестициях служат основные средства (активы) делового предприятия, отчисления, диктуемые предельной нормой рентабельности вложенного капитала, как правило, списывают на общие издержки. Величина таких косвенных издержек может колебаться в пределах от базисной процентной ставки до значения, определяемого альтернативными затратами на капитал и ожидаемой доходностью. Метод исчисления затрат на капитал оказывает серьезное влияние на проектирование логистической системы. Поэтому процедуры и нормативы, используемые в калькуляции косвенных логистических издержек, имеют решающее значение. Они также важны в тех случаях, когда компания приобретает логистические услуги из внешних источников (об этом мы будем говорить чуть позже в этом разделе).